Desde muy pronto se debate el asunto de los repartimientos y la encomienda, que la corona intentará erradicar definitivamente; pero que se encontrará con las reticencias de los indianos.

     Carlos I promulgará las Leyes Nuevas para el gobierno de las Indias, en las que se reconoce que los indios son libres, pero en las que consagra la guerra justa y el requerimiento, estas leyes regulan, también, los nuevos descubrimientos. Las Leyes están inspiradas en las experiencias de fray Bartolomé de las Casas, a pesar del fracaso de su proyecto. Las encomiendas se hacen temporales, lo que condena a muerte a la institución, pero se mantienen los servicios forzosos a la comunidad.

     En las Indias se implantan las instituciones castellanas, mayoritariamente, entre las que destacan el virrey y la Audiencia.

     El poblamiento de las Indias supone, también, la creación de ciudades de nueva planta, y la evangelización de los indios, que tenderán a vivir en las ciudades de los españoles, abandonando el campo, o sus propias ciudades. La evangelización de los indios es lo que da legitimidad a la corona para someter aquellas tierras.

     Los asuntos de las Indias se centralizan en España, en el Consejo de Indias y en la Casa de Contratación.