Felipe II abandona esta condición y opta por establecer un centro donde acudan todas las informaciones y todos los que deseen resolver algún problema. De este centro parten, también, todas las decisiones. Felipe II se resistirá a abandonar la capital, y solo irá a los Reales Sitios. Esta capital se establece primero en Valladolid y luego en Madrid, donde se asentará la Corte definitivamente en 1561; tras alguna vuelta a Valladolid.

     La sedentarización de la Corte implica la creación de algunas instituciones políticas, necesarias para el funcionamiento de un incipiente Estado. Sólo al Inquisición era una institución implantada en todos los reinos.

Los secretarios

     En la centuria siguiente los secretarios pierden su influencia en favor de los validos, que tienen competencias menos definidas, pero que gozan de la confianza del rey y ejecutan en su nombre, incluso llegan a sustituirles. Sólo Godoy llegó a recibir una delegación oficial de competencias.

Los consejos

     Los consejos son herencia de la Edad Media, donde existían los consejos de Castilla y de Aragón, pero con Carlos I se hacen más complejos y cambian de naturaleza. El consejo fue un órgano útil en la Edad Media en Aragón y Castilla ya que gobernaba en ausencia del rey.

     En el siglo XVI su carácter consultivo implicaba que no fuesen responsables de ejecutar las decisiones del rey. En un principio trataba de todos los temas, pero progresivamente se fueron desgajando de él ciertos asuntos, y se crearon los consejos de Guerra, Hacienda, Inquisición, la Mesta, etc. A partir de 1524 se comienzan a crear consejos territoriales, como los de Aragón, Italia, Indias, Flandes, Portugal, etc. debido a la falta de integración política de los reinos de la corona.

Las pragmáticas

     Hay leyes para grupos privilegiados, como la Mesta, o los gremios, pero no hay una ley para todo el territorio de la corona, aunque la pragmática tiene validez en todo un reino. La recepción del Derecho romano es la fuente de la ley y las pragmáticas.

El virrey

     Los virreyes eran personas de confianza del rey, y miembros de su familia o la nobleza. Al ser designados reciban también instrucciones escritas. Recibieron apoyo de las instituciones, tanto del Consejo, para la gobernación, como de la Audiencia, para la justicia. Podían promulgar pragmáticas que debían ser ratificadas por el rey. Estas pragmáticas se recogían en recopilaciones. Los Austrias, en un intento de lograr la integración de los reinos de la corona, y para evitar la creación de oligarquías autóctonas, solían nombrar virreyes ajenos al reino al que iban a gobernar, lo que no dejó de traer problemas.

     Para controlar las actuaciones de los virreyes se empleó la visita y el juicio de residencia, o purga de taula. Entre las obligaciones de virrey estaban asegurar el orden público y convocar las Cortes.

Las Cortes

     En la monarquía hispánica cada reino conservó sus Cortes (stamenti, senato) con sus Estados Provinciales y Generales, aunque con el tiempo las Cortes castellanas tuvieron más importancia que las del resto de los reinos. Todas ellas responden a un modelo común, divididas en brazos (Nobleza, Clero y Reino o Tercer Estado). Las competencias de las Cortes nunca se pusieron por escrito, pero trataban fundamentalmente de asuntos financieros y presentación de peticiones al rey. En Aragón, antes de tratar de cualquier asunto, lo primero era la reparación de agravios. Lo que nunca hicieron estas Cortes fue compartir con el rey la potestad legislativa. También se reunían los estamentos por separado, para tratar asuntos de especial importancia, en lo que se llamaban parlamentos.

     Las Cortes de los siglos XVI y XVII continuaron con las mismas competencias que la medievales y la misma representación en cada territorio, cada reino tenía sus Cortes ya que tenía su Hacienda y su aportación al Ejército. Sólo el conde-duque de Olivares intentó unificar el ejército de toda la monarquía, pero fracasó. Los servicios extraordinarios que se pedían a las Cortes eran recibidos con muchas precauciones y eran concedidos a cambio de alguna delegación del poder real; a cambio el rey intentaba que fuesen permanentes, y no solía cumplir las condiciones pactadas, por lo que eran frecuentes las tensiones. Una labor a la que se dedicaron las Cortes fue la recopilación de los fueros por escrito, como los Usatges, las Costumes o los Fueros, para asegurarse el cumplimiento de las promesas reales y la limitación del poder del rey. La Ley Vieja era más importante para las Cortes que las decisiones del rey y en ocasiones se utilizaba la fórmula «se obedece, pero no se cumple» con el fin de evitar enfrentamientos.

     Uno de los servicios que las Cortes debían prestar al rey era el de armas, pero a este servicio no estaban obligados todos los reinos por igual, y los conflictos en los que se veía involucrado el rey eran cosa de cada reino. Los conflictos de Felipe II en los Países Bajos, o la secesión en 1640 de Portugal con Juan de Braganza, fueron conflictos de estos reinos con su rey, no con España.

     Las Cortes se fueron convocando cada vez más raramente, en la medida que la corona podía disponer de dinero sin convocarlas. Desde 1620 en la convocatoria de las Cortes no hay peticiones y desde 1658 la Diputación pasó a ser la Sala de Millones del Consejo de Hacienda. Tras la guerra de Sucesión, en 1715, las Cortes no se volvieron a convocar nada más que para coronar reyes.

Las cancillerías y las audiencias

     Pero los auténticos órganos judiciales de rango superior en los distintos reinos eran las audiencias, la primera instancia de la justicia eran los alcaldes. En ocasiones estaban tan sólo sometidas, jerárquicamente, a los consejos territoriales. La justicia era una prerrogativa del rey, pero la delegaba en la Audiencia. La última instancia era el rey.

     En los siglos XVI y XVII se crearon audiencias en Galicia, Canarias (1526), Sevilla (1566), Asturias (1717) y Extremadura (1790). Navarra no contó con audiencia, puesto que la función de jueces superiores la desempeñaba su Consejo Real. En la Corona de Aragón cada reino tuvo su audiencia. También se crearon audiencias en las Indias, en Santo Domingo en 1511, México en 1527, Panamá en 1538, Lima y Guatemala en 1542, Bogotá y Guadalajara en 1548, Charcas en 1559, Quito en 1563, Concepción entre 1565 y 1573, Manila en 1583, Santiago en 1606 y Buenos Aires entre 1661 y 1671. Estas audiencias tenían, también, competencias en el gobierno. El presidente de las audiencias americanas solía ser el virrey o un presidente civil o militar si no había virrey en la ciudad.